On observe dans le flacon certains mutants (antp et bx) chez lesquels des structures bien formées se trouvent au mauvais endroit le long de l’axe AP. On sait que les gènes homéotiques sont des gènes dont les mutations provoquent la présence d’une structure correctement formée mais située à un mauvais endroit le long de l’axe antéro-postérieur. Les phénotypes étonnants sont donc des mutants homéotiques.
On observe, pour le gène homéotique bx comme pour le gène homéotique antp, que la séquence codante du gène est identique chez le mutant et chez la drosophile sauvage. Par contre, les séquences régulatrices sont différentes chez le mutant et chez la drosophile sauvage : substitution A179G dans le cas du mutant antp et substitution A330T dans le cas du mutant bx.
On en déduit que les phénotypes étonnants présents dans le flacon sont dus à des mutations portant sur les séquences régulatrices des gènes homéotiques.